Le fonctionnement cérébral pendant l’état hypnotique est spécifique et différent du sommeil, de la rêverie, de l’imagerie mentale, comme le montre l’imagerie obtenue avec l’IRM fonctionnelle et le PET-scan. L’activation du cortex sensoriel et moteur pendant l’hypnose suggère l’implication active du patient dans les scènes évoquées, le cortex cingulaire antérieur intervenant dans la modulation de la perception douloureuse.